第八十章 理性分子设计 (2/2)
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心里呵呵了两声,所谓抽奖和神秘商店刷新还不都是系统控制的,它想让自己得到什么就会得到什么,真是个幺蛾子系统啊!
这次抽奖还是完成了第一次基因药水治疗任务获得的,由于李骁担心自己运气不好,再加上对抽奖也不是特别需要,所以就留着一直没用。
不过既然这样,抽一次奖也不会死人,那还是抽一下看看吧!
于是他召唤出了抽奖页面,一共有八个区域,三个是“谢谢参与”,三个是“?”号,只有两个是图纸,卷成一卷,也不知到底是什么图纸?
用意念往上一点,只见指针开始转动起来……
“停!停!停!”
伴随着李骁心里的大喊,指针缓缓地掠过了“?”号,眼看就要停在一卷图纸上,结果又缓缓地滑动过去。
就在李骁叹了口气,觉得这次又该没戏了,谁知指针又划过了三个“谢谢参与”后,最终停在了最后的那卷图纸上。
李骁呆了一呆,意念往图纸上一点,只见图纸徐徐展开,一道金光闪过,一本书籍出现在了眼前。
“《理性分子设计》?”李骁定睛一看,“卧槽!这是啥?”
系统没有回答。
李骁赶紧打开这本只有00多页的书籍,进行了一番翻阅,发现理性分子设计主要是在计算机中完成。通过计算机建模预测蛋白质活性位点,考察某基因突变对目标蛋白稳定性、折叠以及与底物结合的影响,从而对蛋白质进化进行设计指导和模拟筛选实验,提高实验的成功率。
具体说来,就是为基于目标蛋白的三维结构,利用计算机理性设计亲和配基提供了便利,使其成为更加快速的获得高亲和性肽配基的有效方法。
该方法一般包括以下步骤:
1.通过蛋白质数据库或同源模建的方法获得目标蛋白质的相关结构信息。
.基于经验或分子模拟软件分析找到潜在的配基结合位点,这个位点可能是蛋白质的活性点,也可能是它的天然互补配基结合位点,或者是溶剂暴露区域等。
.建立一个含有大量候选分子的数据库,也可以利用商业化的数据库,如常用的剑桥结构数据库和现有化学品目录数据库等。
4.利用分子对接软件进行配基的筛选,获得与目标蛋白具有较高亲和性的配基。
5.最后利用分子显示和分子性质分析软件评价所获得的配基和目标蛋白的亲和性。
……
李骁呆了一呆,忽然激动地道:“明白了!用《理性分子设计》的方式,我就能设计一种建模,对人类现有的5000种酶进行分析,并找到那种可能的酶的结构分子式。”
只要这种酶的结构分子式得到,就能人工合成这种酶,那座茫茫大海中的小岛也就能找到了。
至于建模的原则,对于李骁而言并不是难题,他已经有了肌纤维图纸,能够得出炎症细胞的基因特征,再把5000种酶的数据输入进去,足以构建起数学模型。
现在唯一的难题,就是iGEM大赛报名截止还有半个月,他要在那之前拿出基本的方案,才能申报。
他需要再一次和时间赛跑了!(未完待续)
心里呵呵了两声,所谓抽奖和神秘商店刷新还不都是系统控制的,它想让自己得到什么就会得到什么,真是个幺蛾子系统啊!
这次抽奖还是完成了第一次基因药水治疗任务获得的,由于李骁担心自己运气不好,再加上对抽奖也不是特别需要,所以就留着一直没用。
不过既然这样,抽一次奖也不会死人,那还是抽一下看看吧!
于是他召唤出了抽奖页面,一共有八个区域,三个是“谢谢参与”,三个是“?”号,只有两个是图纸,卷成一卷,也不知到底是什么图纸?
用意念往上一点,只见指针开始转动起来……
“停!停!停!”
伴随着李骁心里的大喊,指针缓缓地掠过了“?”号,眼看就要停在一卷图纸上,结果又缓缓地滑动过去。
就在李骁叹了口气,觉得这次又该没戏了,谁知指针又划过了三个“谢谢参与”后,最终停在了最后的那卷图纸上。
李骁呆了一呆,意念往图纸上一点,只见图纸徐徐展开,一道金光闪过,一本书籍出现在了眼前。
“《理性分子设计》?”李骁定睛一看,“卧槽!这是啥?”
系统没有回答。
李骁赶紧打开这本只有00多页的书籍,进行了一番翻阅,发现理性分子设计主要是在计算机中完成。通过计算机建模预测蛋白质活性位点,考察某基因突变对目标蛋白稳定性、折叠以及与底物结合的影响,从而对蛋白质进化进行设计指导和模拟筛选实验,提高实验的成功率。
具体说来,就是为基于目标蛋白的三维结构,利用计算机理性设计亲和配基提供了便利,使其成为更加快速的获得高亲和性肽配基的有效方法。
该方法一般包括以下步骤:
1.通过蛋白质数据库或同源模建的方法获得目标蛋白质的相关结构信息。
.基于经验或分子模拟软件分析找到潜在的配基结合位点,这个位点可能是蛋白质的活性点,也可能是它的天然互补配基结合位点,或者是溶剂暴露区域等。
.建立一个含有大量候选分子的数据库,也可以利用商业化的数据库,如常用的剑桥结构数据库和现有化学品目录数据库等。
4.利用分子对接软件进行配基的筛选,获得与目标蛋白具有较高亲和性的配基。
5.最后利用分子显示和分子性质分析软件评价所获得的配基和目标蛋白的亲和性。
……
李骁呆了一呆,忽然激动地道:“明白了!用《理性分子设计》的方式,我就能设计一种建模,对人类现有的5000种酶进行分析,并找到那种可能的酶的结构分子式。”
只要这种酶的结构分子式得到,就能人工合成这种酶,那座茫茫大海中的小岛也就能找到了。
至于建模的原则,对于李骁而言并不是难题,他已经有了肌纤维图纸,能够得出炎症细胞的基因特征,再把5000种酶的数据输入进去,足以构建起数学模型。
现在唯一的难题,就是iGEM大赛报名截止还有半个月,他要在那之前拿出基本的方案,才能申报。
他需要再一次和时间赛跑了!(未完待续)